胃肠外科于2016年3月扩设为两个病房，胃肠外科一病房现开放床位80张，下设8个医疗小组，拥有主任医师8名，其中博士研究生导师3名。科室在国内享有较高学术地位和临床影响力，是黑龙江省胃部肿瘤诊疗中心，中国抗癌协会副理事长、胃癌专业委员会副主任委员单位，并担任黑龙江省相关专业委员会主任委员等重要职务。是全国12个胃肠肿瘤多中心诊疗单位之一、中国抗癌协会胃癌培训示范基地，具备博士、硕士学位授予权。

科室长期致力于胃部肿瘤研究，在胃癌、胃肠道间质瘤、胃神经内分泌瘤等疾病的临床诊疗方面居国内领先水平。常规开展规范化淋巴结清扫、纳米碳标记清扫、D2+扩大清扫、新辅助化疗及腹腔温热灌注化疗等，显著提升治疗效果。在消化道重建方面，推行全胃切除及近端胃切除多种改良术式，有效改善患者术后生活质量。

科室微创技术特色鲜明，全面覆盖内镜（EMR/ESD）、腹腔镜、机器人及免气腹腹腔镜等精准术式。其中，机器人手术的成功开展标志着科室在高端微创领域达到新高度，免气腹悬吊牵开器技术属国内外开创性应用，已成功完成400余例，推广并培训全国多家医院。科室同步构建了以微创外科为核心，涵盖术前心理干预、术中精准操作及术后个体化营养支持的肿瘤患者全程化管理体系，显著减轻患者疼痛与焦虑，改善术后康复质量。

科室近年获多项科技与医疗成果奖，包括近端胃癌根治术改良、胃癌极限切除、内镜粘膜下注射技术、外视镜辅助手术及免气腹装置应用等分别获校、省厅一等奖。承担及完成省级以上课题10项，曾获中华医学科技奖三等奖1项、省政府科技进步二等奖3项等。发表论文200余篇，SCI收录100余篇，主编、参编教材10余部。